Génération de bibliothèques combinatoires et calculs de propriétés de composés virtuels en utilisant ChemFinder/Excel (menu CombiChem).

 

Partie 1. Génération de bibliothèques combinatoires des produis d'une réaction à partir d'une base de données de réactifs.

 

1.1  Préparation d'une réaction générique.

 

Préparer une réaction générique dans la nouvelle Feuille de CombiChem ("New CombiChem Worksheet")

CombiChem -> New Reaction

Utiliser ChemDraw pour désigner la réaction générique (Figure 1)

 

Figure 1. La réaction générique qui correspond à une variation de substituants R1, R2 et R3.

 

 

 

1.2   Génération des listes de réactifs.

 

Feuille  Reactions:  CombiChem ->  Make Reactant WorkSheets

 

Sélection de réactifs à partir d'une base de données.

Réactif 1.

·      Utiliser ChemFinder pour effectuer la recherche pour le Réactif 1 dans la base de données CS_Demo.

·      Feuille  Reactant1: Reactants -> Import Current ChemFinder Hitlist

Réactif 2…

Réactif 3…

 

 

** Pour limiter le nombre de composés dans la bibliothèque combinatoire effectuer la recherche pour des composés suivants avec des contraints:

 

Réactif 1

Réactif 2

Réactif 3

  AND MW<70

 

1.3 Génération d'une bibliothèque combinatoire.

 

Experiments -> New Experiment

 

Vérifier la taille de la bibliothèque (N = n1*n2*n3)

Sauvegarder les résultats comme un fichier EXCEL.

 

1.4. Traitement et présentation des résultats.

 

1.4.1. Calculs de propriétés physico-chimiques pour des composés virtuels.

Feuille  Experiment1 - Products.

Sélectionner une propriété à partir de la liste ChemFinder Functions (Coller Une Fonction).

Calculer le nombre de sites de donneur H pour les structures générées.

 

1.4.2. Préparation d'une base locale contenant des structures générées:

 

1.4.3. Présentation des résultats.

 

 

Tableau 1. Les composés virtuels pour lesquels MolWeight < 300 et H-Bond donors = 2.

 

no

structure

formule

molweight

HB donor

1

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1.5 Recherche de réactions réelles dans une base de données.

 

Effectuer la recherche de réactions présentées dans Figure 1 à partir de la base de données ChemPrep (CDROM ChemRXN).

Sauvegarder les résultats dans un fichier RDF et les importer dans une base locale.

 

 

 

Partie 2. Génération de bibliothèques combinatoires de composés: utilisation des structures de Markush.

 

Génération de dérivés du benzène

 

 

 

Puisque ChemCombi ne permet pas formellement de traiter des structures de Markush, il faut générer une bibliothèque combinatoire de la même façon que pour des réactions (voir Partie 1). En particulier, pour des dérivés du benzène, utiliser la réaction générique présentée sur Figure 2.

 

Figure 2.

 

Suivre les instructions pour la Partie 1. Au lieu de la procédure donnée dans le paragraphe 1.2,

mettre manuellement les structures de réactifs 1 - 3 et indiquer Y dans la colonne Use (Y/N).

 

 

Exercices:

 

Ouvrir Reactant WorkSheets dans Excel. Préparer les listes de réactifs:

R1 = F, Br, I;

R2 = Me, i-Pr, t-Bu;

R3 = Ph, cyclopenta-1,3-diènyl, cyclopropyl.

 

3. Générer la bibliothèque de composés virtuels (suivre les informations du paragraphe 1.3). Présenter les résultats dans Tableau 2 (Excel).

 

4. Pour les composés générés calculer les propriétés suivantes:

point d'évaporation ( "boiling point",  BP),

point de congélation ("freezing point", FP),

le coefficient de partage octanol/eau (LogP),

la chaleur de formation (DHf).

Mettre les résultats dans Tableau 2 en indiquant les grandeurs de propriétés calculées.

 

Tableau 2. Bibliothèque combinatoire des benzènes substitués.

 

no

structure

BP, …

FP, …

LogD, …

DHf, …

1

 

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

La taille de la bibliothèque  = … structures.